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Science of The Total Environment

标题：Spatial patterns of microbial diversity in Fe-Mn deposits and associated sediments in the Atlantic and Pacific oceans

译名：大西洋和太平洋铁锰矿床及相关沉积物中微生物多样性的空间格局

作者：Natascha Menezes Bergo等

时间：2022-05-10

期刊：Science of The Total Environment

影响因子：10.753

DOI：10.1016/j.scitotenv.2022.155792

摘要：深海铁锰矿床的开采将去除海底的结壳和结核。这些矿物质的生长需要数百万年的时间，但对它们的微生物组却知之甚少。除了作为生物地球化学循环的关键元素以及食物和能源与深海的重要联系之外，微生物已被确定为影响锰氧化物的形成。在这项研究中，研究者确定了大西洋两个区域热带海山和里奥格兰德隆起的深海Fe-Mn结壳、结核和相关沉积物中细菌和古生菌的组成和多样性。在2016年和2018年海洋学活动中使用ROV和疏浚收集样本，并使用Illumina平台对16S rRNA基因进行测序。此外，研究者将实验结果与Fe-Mn结壳、结核、和来自太平洋克拉里昂-克利珀顿区和拓代-醍醐海山的沉积物。结果显示，与太平洋地区相比，大西洋海山拥有一个不寻常且未知的铁锰矿床微生物组，其多样性和丰富度较低。来自大西洋海山的结壳和结核具有独特的分类群(Alteromonadales、Nitrospira和Magnetospiraceae)和更高丰度的潜在金属循环细菌，例如Betaproteobacteriales 和 Pseudomonadales。根据沉积物、结壳、结核和地球化学，来自大西洋海山的微生物β多样性被清楚地划分为微生境。尽管这些沉积物的生长需要数百万年的时间尺度，但环境-环境的组合在形成结壳和结节的微生物组方面发挥了重要作用。

推荐语：研究结果表明，铁锰矿床微生物是深海生态系统生物地球化学反应的关键。这些发现证明了微生物群落分析在深海采矿潜力区域的环境基线研究中的重要性。

Environment Pollution

标题：Differences in geological conditions have reshaped the structure and diversity of microbial communities in oily soils

译名：地质条件的差异重塑了油性土壤微生物群落的结构和多样性

作者：Ning Zhu等

时间：2022-05-03

期刊：Environment Pollution

影响因子：9.988

DOI：10.1016/j.envpol.2022.119404

摘要：采用高通量测序技术研究不同空间距离和环境条件下油污土壤微生物群落结构多样性变化。从三个地区的16个样本中获得了239个门、508 个纲、810个目、1417 个科、2048个属、511种微生物群落。石油烃（PHA）改变了土壤的理化性质、微生物群落结构。α多样性结果表明，土壤中细菌多样性较高，尤其是庆阳黄土。细菌丰度依次为黄土>黑土>沙土。Beta多样性表明，空间距离限制和重复样本的随机变化可能是导致土壤异质性和微生物群落结构差异的主要因素。鉴定了具有广泛石油烃降解能力的优势菌门，如变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门。假单胞菌属、芽孢杆菌属、诺卡氏菌属、海洋杆菌属、鞘氨醇单胞菌属、链霉菌属和链霉菌属被鉴定为用于PHA降解的功能性微生物。微生物群落在不同地质条件下表现出共排斥，通过氨基酸代谢、能量代谢和碳水化合物代谢在土壤PHA降解中起关键作用。amos结构方程的相关结果表明，不同地区土壤微生物的多样性和丰度受土壤PHA含量和环境因素的控制。海拔、年平均气温和年降雨量与微生物多样性呈正相关。年降水量和土壤理化因子对其影响最为显着。微生物多样性间接影响了不同类型土壤中PHA的含量。

推荐语：该研究认为，重塑土壤中微生物群落的结构和多样性会因不同的地质条件、污染物和土壤类型而发生改变和重塑。本研究可为理解地理环境等因素驱动下地球微生物形成的生态效应提供帮助。

Environmental Research

标题：The microbial diversity in industrial effluents makes high-throughput sequencing-based source tracking of the effluents possible

译名：工业废水中的微生物多样性使基于高通量测序的废水源跟踪成为可能

作者：Yan Wei等

时间：2022-06-07

期刊：Environmental Research

影响因子：8.431

DOI：10.1016/j.envres.2022.113640

摘要：为了探索工业废水中的微生物多样性，并在此基础上验证基于测序数据追踪污水管网工业废水的可行性，研究者从中国深圳四家工厂的工业废水中采集了28个污水样本，并对16S rRNA基因进行测序以分析微生物组成。总共确定了5413个操作分类单元 (OTU)，发现来自下水道系统不同位置的样本之间的微生物组成高度多样化，只有107个OTU被90%的样本共享。这些共享的OTU在变形菌门、毛单胞菌科和假单胞菌科以及假单胞菌属中富集，具有降解相关细菌和致病细菌。更重要的是，研究者发现不同工厂相关样品的微生物组成存在差异，并确定了区分这些工厂废水的微生物标志物，可用于追踪废水的来源。

推荐语：本研究提高了我们对工业废水中微生物多样性的认识，同时也证明基于测序数据进行工业废水源头追踪的可行性，并为环境监测和管理提供了一种替代技术解决方案。

 Allergology International 

标题：Effect of gut microbial composition and diversity on major inhaled allergen sensitization and onset of allergic rhinitis

译名：肠道微生物组成和多样性对主要吸入性过敏原致敏和过敏性鼻炎发作的影响

作者：Taimu Yamaguchi等

时间：2022-07-15

期刊：Allergology International

影响因子：7.478

DOI：10.1016/j.alit.2022.06.005

摘要：肠道菌群多样性降低与肠道菌群失调有关，并导致各种疾病，包括过敏性疾病。我们研究了肠道微生物多样性与对主要吸入性过敏原的敏感性之间的关系。此外，研究了过敏症状发作与致敏个体中细菌组成的关系。本研究包括 2016 年参与 Iwaki 健康促进项目的 1092 名当地居民。分析血液样本以确定针对主要吸入过敏原（JCP、HD1、Grass-mix、Weed-mix）的特定 IgE 水平。通过问卷评估鼻部症状。使用下一代测序分析粪便样本中的细菌 16S rRNA。在对过敏原敏感或不敏感的患者以及有症状和无症状组之间比较多样性指数（α-多样性、β-多样性）和肠道微生物门/目水平的组成。与未致敏组相比，对任何/所有四种过敏原致敏的患者的一些 α-多样性指标显着降低。对所有过敏原不敏感和敏感的人（20-49 岁），以及对任何/所有四种过敏原不敏感和敏感的人（年龄≥50 岁）之间的 β 多样性显着不同。未致敏组中拟杆菌的相对丰度显着低于致敏组。有症状组和无症状组的肠道菌群组成和多样性相似。结果表明，肠道微生物群缺乏多样性会影响对过敏原的敏感性。目级拟杆菌可能影响致敏性；然而，过敏症状的出现与细菌组成和多样性没有显着相关性。

推荐语：该研究指出，作为诱导阶段，多样性降低和生态失调与过敏原致敏有关。然而，肠道微生物群与症状性鼻过敏的发作。随着支持肠道微生物群与宿主之间关系的代谢物和机制变得更加明显，很可能会开展更多关于再生物的研究，作为改善过敏患者生活质量的治疗策略。研究者相信，通过各种研究结果所得的知识可用于预防性地减少过敏。

Frontiers in Microbiology

标题：Microbial Community Structure Is Most Strongly Associated With Geographical Distance and pH in Salt Lake Sediments

译名：微生物群落结构与盐湖沉积物中的地理距离和 pH 值最密切相关

作者：Talitha C Santini 等

时间：2022-06-02

期刊：Frontiers in Microbiology

影响因子：6.064

DOI：10.3389/fmicb.2022.920056

摘要：盐湖是全球重要的微生物栖息地，拥有大量新的微生物多样性和功能能力。极端盐度和pH值都对陆地和水生环境中的微生物生存构成重大挑战，并且经常被认为是对各种环境中微生物多样性的主要影响。然而，很少有研究试图确定对盐湖微生物群落组成、功能能力和环境耐受性的空间和地球化学贡献，限制了对新型嗜盐和耐盐微生物物种的探索及其潜在的生物技术应用。在这里，研究者收集了16个盐湖的沉积物样本，pH值范围从4到9，分布在48,000km 2。来自澳大利亚西南部的研究人员确定了环境因素与微生物群落组成之间的关联，并使用高通量培养方法，确定这些微生物群落中铁和硫氧化过程中盐和pH耐受性的限制。湖泊之间的地理距离是微生物群落组成变化的主要贡献者，pH被确定为微生物群落组成变化的最重要的地球化学贡献者。微生物群落组成按pH值分为两个明确的组：在酸性盐湖中，芽孢杆菌占主导地位，而Euryarchaeota在碱性盐湖中占优势的微生物群落。在 pH 值低至1.5 时，在高达 160 g L -1 NaCl的盐度下观察到铁氧化，在高达160 g L -1的盐度下观察到硫氧化NaCl 在pH值2-10之间，是先前观察到的在这些极端 pH 值下可培养的铁和硫氧化剂中对 NaCl 盐度的耐受性的两倍多。盐湖微生物群落的OTU水平多样性成为铁和硫氧化能力以及对极端 pH 值和盐度的环境耐受性的主要指标。

推荐语：总体而言，在对新的微生物功能能力和环境耐受性进行生物勘探时，本项研究支持从偏远、以前未探索和最远的位置取样，并优先考虑 OTU 水平的多样性而不是当前的地球化学条件。