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行业动态INDUSTRY DYNAMIC

美格云生态 | 云工具V8系列上线(上)

来源:admin    发布时间:2022-08-12   阅读数:480

美格云生态网址:http://cloud.magigene.com/

本次云工具V8系列(上期)新增4个“动态绘图”、12个“静态绘图”、2个“表格处理”及1个“序列处理”。本系列同样简单操作易上手,一键运行解决各位的绘图难题!心动不如行动,云币快快用起来!


一、动态绘图

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(1)饼图(pie plot)

区别于传统静态饼图,不仅可以选择传统饼图,还可以选择南丁格尔图(玫瑰图),仅需一步,上传数据文件,无参数设置,快速出图!

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MAGICHAND云工具动态示例


(2)蜂群图(Beeswarm)

蜂群图(Beeswarm)基于散点图的绘制方法,以邻近但不重叠的点,直观地呈现整体数据的局部密度信息。

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MAGICHAND云工具示例图


动态绘图优点:配备丰富的编辑功能,满足用户所需。

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(1)UMAP


相比于PCA/PcoA/NMDS,UMAP具有更佳的分群效果且保留了更多的全局结构,提供更多的有用特征。当所研究数据的数据量相对较大时,为了展现更好的数据特征,则需要对数据进行降维的处理手段。


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MAGICHAND云工具动态示例


(2)map

工具可以在各地图上通过颜色等直观表现各地区数据差异,还可通过图例控制实现快速筛选数据,并且可通过自主设置多项画图参数对得到的图片进行调整以及再设计,最终获得个性化的map数据图。


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MAGICHAND云工具动态示例


二、静态绘图

(1)小提琴图

小提琴图作为核密度图和箱型图的结合。图像不仅仅展现出数据的密度分布情况,也可以通过其中的箱型图获取数据当中的关键信息(如中位数,相邻值以及离群数据点)。


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MAGICHAND云工具示例图


(2)ROC

通过平面上对分析后(假阳性率vs真阳性率)数据进行画图,从而判断实验模型的好坏。而为了能够更加的直观展现出好与坏,AUC值(Area Under Curve)提供了参考。当ROC线下面积(AUC)更趋向于1时,模型具有较好的性能。

可选择曲线与Top ROC曲线下面积(AUC)的颜色,还有更多贴合出图效果的参数设置,粉丝们快快点击云工具体验吧——welcome欢迎光临威尼斯云生态(http://cloud.magigene.com/)


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MAGICHAND云工具示例图


(3)丰度(Circos)

通过以Circos圈图的作图方式,对样品的丰度数据进行展现,以及各分组情况。


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MAGICHAND丰度cricos图示例


三、表格处理

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(1)Fisher_test

Fisher精确检验,亦称“四格表的确切概率法”,用于对小样本(n<40)进行独立性检验,本工具可通过同时输入多组数据,从而迅速同步检验出各组数据的行变量和列变量之间的相关性。

(2)卡方检验

卡方检验是一种用途广泛的假设检验方法,主要用于比较两个及两个以上样本率( 构成比)以及两个分类变量的关联性分析,适用于较大样本(n>=40)。本工具也可通过同时输入多组数据以检验出各组数据的行变量和列变量之间的相关性。

两款云工具均提供常用的P值校正方式(FDR、BH、BY、bonferroni、holm、hochberg、hommel)。如果想省去查阅资料的时间,那首选肯定是我们MAGICHAND云工具,仅需5枚云币,快来体验吧 ~



四、序列处理

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(1)Copies_calulate

介绍:拷贝数,是指某基因在某一生物的基因组中的个数,可分为单拷贝和多拷贝。本工具可通过质粒浓度以及碱基数快速计算出每ul样品的拷贝数。

参数设置:输入核酸浓度和序列碱基数,一键运行获得结果!







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